НШДС была создана 20 ноября 2004 году на базе Школы – интерната ВГУЭС для одаренных детей как Центр дошкольного образования «Одаренок».

В сентябре 2007 года Центр дошкольного образования «Одаренок» и начальная школа преобразованы в начальную школу с дошкольным отделением (школу-сад гуманной педагогики) школы – интерната для одаренных детей им. Н.Н. Дубинина с переездом на ул. Десятая, 10 (ст. Санаторная).

В июле 2009 года Начальная школа с дошкольным отделением ШИОД организована в отдельное структурное подразделение «Европейская прогимназия» ВГУЭС.

В январе 2012 года и по настоящее время «Европейская прогимназия» ВГУЭС переподчинена Автономной некоммерческой образовательной организации профессионального образования «Дальневосточный центр непрерывного образования» (АНПОО ДВЦНО) и переименована в Начальную школу-детский сад «Классическая европейская прогимназия».