Средняя школа № 40 станции Хабаровск-2 отдела школ Дальневосточной железной дороги Наркомата путей сообщения СССР» открыта 07 апреля 1938 года приказом начальника Дальневосточной Железной дороги комиссариата путей сообщения № 142 от 03.04.1938 года «О создании комиссии для приёмки школы на 880 учеников на станции Хабаровск-2».

В соответствии с приказом управления Дальневосточной железной дороги от 22.04.1997 года № 88/н «О передаче образовательных учреждений Дальневосточной железной дороги», постановлением Главы администрации Хабаровского края от 04.06.1997г. № 223 «О передаче в муниципальную собственность общеобразовательных школ ведомства Дальневосточной железной дороги», постановлением Мэра г. Хабаровска от 04.08.1997 года № 2230 «Об утверждении перечня учреждений, имущества, передаваемых в муниципальную собственность г. Хабаровска управлением Дальневосточной железной дороги» школа № 40 была передана в ведение отдела образования администрации Железнодорожного района г. Хабаровска и переименована в муниципальную среднюю общеобразовательную школу № 40 отдела образования Железнодорожного района г. Хабаровска.

С 20 февраля 2002 года муниципальная средняя общеобразовательная школа № 40 отдела образования Железнодорожного района г. Хабаровска, в связи с упразднением районных отделов образования г. Хабаровска, тип учреждения изменён на муниципальное общеобразовательное учреждение среднюю общеобразовательную школу № 40.

С 14 апреля 2011 года тип учреждения изменён на муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение среднюю общеобразовательную школу № 40. Основание: свидетельство о внесении изменений записи в ЕГРЮЛ, серия 27 № 00193612 от 14.04.2011г.

С 29 апреля 2014 года тип учреждения изменён на муниципальное автономное общеобразовательное учреждение г. Хабаровска «Средняя школа № 40». Основание: лист записи ЕГРЮЛ от 29.04.2014г. № 2142724041612.

Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение г. Хабаровска «Средняя школа № 40» создано в соответствии с Гражданским Кодексом Российской Федерации, Федеральным законом от 03.11.2006г. № 174-ФЗ «Об автономных учреждениях», Федеральным законом от 29.12.2012г. № 273-ФЗ “Об образовании в Российской Федерации”, Уставом городского округа «Город Хабаровск», утверждённого решением Хабаровской городской Думы от 13.07.2004 № 509 и Постановлением администрации города Хабаровска от 11.03.2014 № 825 «Об изменении типа муниципального бюджетного общеобразовательного учреждения средней общеобразовательной школы № 40 в целях создания муниципального автономного общеобразовательного учреждения г. Хабаровска «Средняя школа № 40».

В соответствии с постановлением Мэра города Хабаровска от 11.03.2015 № 827 «О присвоении муниципальному автономному общеобразовательному учреждению г. Хабаровска «Средняя школа № 40» имени Маршала Советского Союза Жукова Георгия Константиновича в целях увековечения памяти Маршала Советского Союза Жукова Георгия Константиновича, четырежды Героя Советского Союза, кавалера двух орденов «Победа», в связи с 70-летием победы советского народа в Великой Отечественной войне 1941-1945 годов муниципальному автономному общеобразовательному учреждению г. Хабаровска «Средняя школа № 40» присвоено имя Маршала Советского Союза Жукова Георгия Константиновича.