В 1957 году решением Горисполкома на окраине города Махачкалы была открыта 8-летняя школа. 2 февраля 1961 года на базе этой школы была создана Махачкалинская школа-интернат. Педагогический коллектив был укомплектован высококвалифицированными специалистами, которые были направлены в Дагестан из различных городов Советского Союза.

С 1978 года школа-интернат была реорганизована в школу-интернат для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей. С 2005 года получила статус муниципального образовательного учреждения г.Махачкалы. с 2024 школа была переименована в МБОУ "Школа-интернат № 5".

За 60 лет работы было выпущено около 1500 учащихся. В настоящее время в интернате обучаются около 114 детей и работают более 126 сотрудников.